Theo phương án tuyển sinh 2019 Học viện Kỹ thuật mật mã, trường dự kiến tuyển 720 chỉ tiêu hệ dân sự. Cụ thể như bảng sau:
Học viện Kỹ thuật mật mã tuyển sinh trên cả nước, đối tượng là các thí sinh đã tốt nghiệp THPT. Trường sẽ xét tuyển theo kết quả kỳ thi THPT quốc gia năm 2019 do Bộ GD&ĐT tổ chức.
Riêng cơ sở đào tạo phía Nam chỉ tuyển sinh ngành An toàn thông tin.
Tổ hợp môn xét tuyển sẽ là một trong các tổ hợp sau:
+ Toán, Khoa học tự nhiên, Tiếng Anh (Tổ hợp D90).
+ Toán, Vật lí, Hóa học (Tổ hợp A00).
+ Toán, Vật lí, Tiếng Anh (Tổ hợp A01).
Cách thức đăng ký xét tuyển và thời gian nộp hồ sơ đăng ký xét tuyển sẽ theo các phương thức đăng ký xét tuyển chung của Bộ GD&ĐT năm 2019.
Ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào theo quy định ngưỡng đảm bảo đầu vào của của Bộ GD&ĐT áp dụng cho năm tuyển sinh 2019. Điều kiện nhận hồ sơ đăng kí xét tuyển năm 2019 theo quy chế tuyển sinh đại học hệ chính quy hiện hành
Ngoài ra, theo phương án tuyển sinh 2019, nhà trường cũng áp dụng một số chính sách ưu tiên như sau:
Xét tuyển thẳng: Thí sinh đoạt giải Nhất, Nhì, Ba trong kì thi chọn học sinh giỏi quốc gia (điều kiện: môn được giải là Toán hoặc Tin học), đã tốt nghiệp THPT.
Ưu tiên xét tuyển: Thí sinh đã trúng tuyển vào Học viện Kỹ thuật mật mã nhưng ngay năm đó có lệnh điều động đi nghĩa vụ quân sự hoặc thanh niên xung phong, nay đã hoàn thành nghĩa vụ được xuất ngũ, phục viên. Nếu có đầy đủ điều kiện và tiêu chuẩn sức khỏe, có các giấy tờ hợp lệ thì được xem xét nhận vào học tại Học viện theo đúng chuyên ngành trước đây đã trúng tuyển.
Các điều kiện ưu tiên khác sẽ theo Quy chế tuyển sinh đại học hệ chính quy năm 2019 ban hành của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT.