Để tránh việc hàng loạt bài thi trắc nghiệm được nâng điểm như năm 2018, Bộ Giáo dục và Đào tạo phân công đại học chủ trì khâu chấm thi.
Ngày 25/4, Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành quyết định về việc giao nhiệm vụ phối hợp tổ chức thi THPT quốc gia năm 2019. Theo đó, các đại học, học viện, trường cao đẳng có nhóm ngành đào tạo giáo viên được giao phối hợp với cơ sở giáo dục và đào tạo tổ chức kỳ thi THPT quốc gia, xét công nhận tốt nghiệp THPT.
Giống như năm ngoái, kỳ thi năm nay sẽ có 63 cụm thi, đơn vị chủ trì tổ chức thi tại các cụm là Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh thành. Riêng Bạc Liêu, do Sở Giáo dục và Đào tạo hợp nhất với Sở Khoa học và Công nghệ, Bộ giao hai Sở chủ trì.
Để ngăn chặn tình trạng gian lận thi cử như năm 2018, Bộ quy định rõ đơn vị chấm thi trắc nghiệm ở các cụm thi là các đại học. Ví dụ, ở cụm thi số 1 tại Hà Nội, Đại học Quốc gia Hà Nội với ba trường thành viên là Đại học Khoa học tự nhiên, Ngoại ngữ và Công nghệ sẽ chủ trì khâu chấm bài trắc nghiệm.
Cụm thi số 4 tại Hà Giang, nơi có 114 thí sinh được nâng điểm năm 2018, Học viện Kỹ thuật quân sự sẽ đảm nhận việc này. Với hai tỉnh còn lại có gian lận là Hòa Bình và Sơn La, Đại học Hà Nội và Đại học Sư phạm Hà Nội 2 được giao nhiệm vụ.
Việc giao cho các đại học đủ năng lực chấm thi trắc nghiệm được Cục trưởng Quản lý chất lượng Mai Văn Trinh đánh giá là điều chỉnh lớn nhất trong năm nay nhằm chống gian lận. Ngoài ra, phần mềm chấm thi đã được điều chỉnh. Đối tượng sử dụng phần mềm được quy định rõ và mọi thao tác trên phần mềm đều được ghi lại để xem lại khi cần thiết. Tất cả dữ liệu chấm thi từ việc ảnh quét bài thi trắc nghiệm đến dữ liệu đều được mã hóa nhằm bảo mật.