Năm 2020, Học viện Kỹ thuật mật mã áp dụng hai phương thức tuyển sinh là dựa vào kết quả thi tốt nghiệp THPT và tuyển thẳng.
Những em đạt giải nhất, nhì, ba trong các cuộc thi học sinh giỏi Toán hoặc Tin học cấp quốc gia và tốt nghiệp THPT đủ điều kiện tuyển thẳng. Ngoài ra, thí sinh đã trúng tuyển vào học viện Kỹ thuật mật mã, nhưng được điều động thực hiện nghĩa vụ quân sự, sau khi xuất ngũ cũng được xem xét nhận vào học tại trường theo chuyên ngành trước đây.
Nếu sử dụng điểm thi tốt nghiệp THPT, thí sinh dự thi theo ba tổ hợp gồm: A00 (Toán, Lý, Hóa), A01 (Toán, Lý, tiếng Anh) và D90 (Toán, Khoa học tự nhiên, tiếng Anh).
Năm nay, trường tuyển 720 sinh viên cho ba ngành gồm An toàn thông tin, Công nghệ thông tin và Kỹ thuật điện tử, viễn thông. Chỉ tiêu lần lượt của các ngành là 420, 200 và 100, khi ra trường sinh viên có trình độ kỹ sư. Điểm sàn của trường lấy bằng với ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào năm 2020 của Bộ Giáo dục và Đào tạo, được công bố sau.
Năm 2019, điểm chuẩn của Học viện Kỹ thuật mật mã từ 20,75 đến 22,9, tăng hơn 2 điểm so với năm 2018. Công nghệ thông tin có điểm chuẩn cao nhất 22,9, kế đó là An toàn thông tin với 21,5 điểm.