Năm 2016, Học viện Hải quân chỉ tuyển sinh duy nhất 1 ngành đào tạo là ngành Chỉ huy tham mưu Hải quân. Tổng chỉ tiêu tuyển sinh là 280 thí sinh cho cả khu vực phía Bắc và phía Nam.
Phương thức tuyển sinh
Xét tuyển trên cơ sở kết quả của Kỳ thi THPT quốc gia. Thí sinh đăng ký và dự Kỳ thi THPT quốc gia năm 2016 theo quy định của Bộ GD & ĐT. Khi có nhiều thí sinh cùng bằng điểm thực hiện xét tuyển theo các tiêu chí phụ, như phần quy định xét tuyển tiêu chí phụ của Học viện Kỹ thuật quân sự. Cụ thể như sau:
Vùng tuyển sinh
Thí sinh Nam trong cả nước
Lưu ý:Thí sinh đăng ký xét tuyển vào hệ đại học quân sự phải qua sơ tuyển, có đủ tiêu chuẩn quy định của Bộ Quốc phòng (thanh niên ngoài Quân đội sơ tuyển tại Ban TSQS cấp quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh; quân nhân tại ngũ sơ tuyển tại Ban TSQS cấp trung đoàn và tương đương).
Điểm trúng tuyển
Chỉ tiêu tuyển sinh
Tuyển sinh 280 thí sinh cho ngành chỉ huy tham mưu hải quân. Cụ thể: