Trong kỳ tuyển sinh 2016, chỉ có 3 trường quân đội tuyển nữ gồm: Học viện Kỹ thuật quân sự, Học viện Quân y và Học viện Khoa học Quân sự. Cụ thể
Học viện Quân Y: Tuyển thí sinh nữ ngành Bác sĩ Đa khoa
- Xét tuyển thí sinh Nữ tổ hợp B00: Chỉ tiêu 09 (Khu vực phía Bắc) và 04 (Khu vực phía Nam).
- Xét tuyển thí sinh Nữ tổ hợp A00: Chỉ tiêu 03 (Khu vực phía Bắc) và 02 (Khu vực phía Nam)
- Tuyển thẳng HSG và UTXT – Thí sinh Nữ: Chỉ tiêu 03 (Khu vực phía Bắc) và 01 (Khu vực phía Nam)
Học viện Khoa học quân sự: Tuyển sinh sinh nữ các ngành – -Ngoại ngữ
- Ngành ngôn ngữ Anh: Xét tuyển 02 chỉ tiêu, Tuyển thẳng HSG và UTXT: 01 chỉ tiêu.
- Ngành ngôn ngữ Nga: chỉ tiêu xét tuyển 01.
- Ngôn ngữ Trung: chỉ tiêu xét tuyển 01
Học viện Kỹ thuật quân sự: tuyển thí sinh nữ ngành Công nghệ thông tin, điện tử viễn thông, điện tử y sinh, khí tài quang, tin học.
- Xét tuyển thí sinh Nữ tổ hợp A00: Chỉ tiêu 09 (Khu vực phía Bắc) và 01 (Khu vực phía Nam)
- Xét tuyển thí sinh Nữ tổ hợp A01: Chỉ tiêu 02 (Khu vực phía Bắc) và 01 (Khu vực phía Nam)
- Tuyển thẳng HSG và UTXT – Thí sinh Nữ: Chỉ tiêu 02 (Khu vực phía Bắc) và 01 (Khu vực phía Nam)
Các thí sinh dự thi hệ quân sự trước hết phải thực hiện sơ tuyển tại Ban tuyển sinh quân sự các địa phương, có đủ tiêu chuẩn theo quy định của Bộ Quốc phòng. Sau đó thí sinh đăng ký và dự thi kỳ thi THPT Quốc gia năm 2016 theo quy định của Bộ GD- ĐT. Vì vậy khi dự thi vào khối các trường quân đội, thí sinh sẽ làm hai bộ hồ sơ riêng biệt 1 bộ hồ sơ đăng ký sơ tuyển do Ban Tuyển sinh quân sự Bộ Quốc phòng phát hành, 1 bộ hồ sơ đăng ký dự kỳ thi THPT quốc gia do Bộ GD-ĐT phát hành.
Điểm trúng tuyển được xét theo chỉ tiêu cho các đối tượng nam, nữ theo tổ hợp xét tuyển và khu vực phía Nam, phía Bắc.
Bên cạnh xét tuyển thẳng, ưu tiên xét tuyển, nhiều trường còn tiến hành đề ra tiêu chí phụ trong trường hợp số thí sinh cùng bằng điểm cao hơn số lượng chỉ tiêu còn lại.